Die Geschäftsführung wird durch den Präsidenten des Fußball-Club Augsburg 1907 e. V. eingesetzt. Sie leitet die Geschicke der Kapitalgesellschaft des FCA, die den Lizenzspielbetrieb sowie den Spielbetrieb der U23, U19 und U17 betreibt. Der Aufsichtsrat kontrolliert als Gremium die FC Augsburg 1907 GmbH & Co. KGaA.